In het jaar 1889 werd prins Hendrik benoemd tot gouverneur van Carisbrook Castle en tot kapitein-generaal en gouverneur van het eiland Wight.
Op 21 juni 1887 werd hij luitenant-kolonel in het leger.
Op 22 februari 1893 werd hij kolonel.
Op 20 november 1894 werd hij benoemd tot lid van de Privy Council.
In november 1895 haalde prins Hendrik koningin Victoria over om hem toe te staan naar West-Afrika te gaan om te vechten in de Ashanti-oorlog. Hij diende als militair secretaris van de opperbevelhebber van de Britse strijdkrachten, generaal Sir Francis Scott. Toen de expeditie Prashu bereikte, ongeveer 50 km van Kumasi, kreeg prins Hendrik malaria.
Op 20 januari 1896 overleed prins Hendrik aan boord van de kruiser HMS Blonde die voor de kust van Sierra Leone was gestationeerd. Zijn lichaam werd gerepatrieerd door de kruiser HMS Blenheim van de Canarische Eilanden.
Op 5 februari 1896 vond de uitvaart plaats in de St. Mildreed’s Church, Whippingham op het Isle of Wight. De begraafplaats waar prins Hendrik ligt werd later ‘de Battenbergkapel’ genoemd.
In augustus 1945 werd de stoffelijke overschot van zijn vrouw, prinses Beatrice, bij hem geplaatst.
